Muzeum Przyrodnicze Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polskiej Akademii Nauk w Krakowie wywodzi się z Komisji Fizjograficznej Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, która powstała w 1865 r.
Pierwszą ekspozycję, kolekcje ornitologiczne Kazimierza Wodzickiego oraz zbiory geologiczne i paleontologiczne otwarto dla zwiedzających w 1888 r. Do 1870 r. zbiory gromadzono w budynku UJ przy ul. Św. Anny, następnie przeniesiono je do gmachu Akademii Umiejętności przy ul. Sławkowskiej 17.
W 1992 r. Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN zakupił zabytkowy budynek dawnej „Łaźni Rzymskiej” przy ul. Św. Sebastiana 9, z wyłącznym przeznaczeniem na nową siedzibę Muzeum Przyrodniczego.

Obecnie w Muzeum Przyrodniczym ISEZ PAN są
trzy wystawy stałe i wiele wystaw okresowych. W zbiorach Muzeum znajduje się ciekawa kolekcja paleontologiczna z unikatowym, liczącym około 30 tys. lat, okazem nosorożca włochatego znalezionego w Staruni (obecnie Ukraina). Zwiedzający do dyspozycji mają również wystawę akwarystyczną przedstawiającą różnorodne ekosystemy wodne m.in. Afryki i Ameryki Południowej z charakterystycznymi dla nich gatunkami ryb; kolekcję bursztynu bałtyckiego liczącego ok. 40 mln lat; a także wystawę minerałów
i skamieniałości pochodzących zarówno z terenów Polski jak i całego świata. Ogromne zainteresowanie zwiedzających (szczególnie tych małych) wzbudzają wystawy z żywymi zwierzętami. Jedna z nich to wystawa gadów, na której można zobaczyć żywe gekony, legwany i węże. Niedawno zostały udostępnione 2 nowe wystawy czasowe:
pt. „Świat motyli” z motylami z różnych zakątków świata oraz "Fauna Polski" z rzadkimi i interesującymi gatunkami zwierząt polskich. Uzupełnieniem części egzotycznej muzeum, jest wystawa z fragmentem lasu tropikalnego, na której zaprezentowano wiele roślin tropikalnych. Wśród nich są również te, których używamy w życiu codziennym – banany, kawa, kardamon i wanilia.
Muzeum organizuje także warsztaty przyrodnicze dla dzieci i młodzieży oraz imprezy urodzinowe.