Jest to przykład szkoły krakowskiej w gotyckiej architekturze.

Podczas trzęsienia ziemi w 1443 roku zarysowało się sklepienie prezbiterium. W 1789 roku na skutek silnych wstrząsów zawaliło się sklepienie nawy głównej. Obecne, drewniane sklepienie jest kopią poprzedniego. Sklepienia gotyckie zachowały się nawach bocznych i kaplicach. 

Gruntownie odrestaurowany na przełomie XVIII i XIX w.

Kościół połączony jest, poprzez kaplicę św. Moniki, wąskim przejściem wzniesionym nad ulicą Skałeczną z klasztorem augustianek. Od 1727 roku w kaplicy tej mieści się oratorium sióstr. Dla wiernych, ze względu na bardzo surową regułę augustianek, dostępna jest tylko w dniu 26 kwietnia - w święto Matki Boskiej Dobrej Rady, której wizerunek znajduje się w ołtarzu.

ul. Augustiańska / Skałeczna